中国科学院昆明分院（简称昆明分院）是中国科学院的派出机构，负责协助院党组领导和指导中国科学院在云南省和贵州省的研究所工作，是连接院机关和研究所的桥梁纽带，区域科技管理和服务的中心。昆明分院前身是中国科学院成立于1957年的中国科学院昆明办事处，1958年扩建为中国科学院云南分院。1962年，中国科学院云南分院与四川分院、贵州分院合并后，在成都成立中国科学院西南分院。1978年10月，经国务院批准，西南分院撤销，成立中国科学院昆明分院。
昆明分院现有5家研究机构：中国科学院昆明植物研究所、中国科学院昆明动物研究所、中国科学院西双版纳热带植物园、中国科学院地球化学研究所、中国科学院云南天文台。
昆明分院建有4个国家重点实验室，8个院重点实验室，19个地方重点实验室，9个工程中心，2个大科学设施：中国西南野生生物种质资源库和模式动物表型与遗传研究国家重大科技基础设施（灵长类设施）；建有探月工程地面应用系统40米射电望远镜、亚洲最大口径的2.4米通用光学望远镜、亚洲最大的地面太阳观测基地-抚仙湖一米太阳塔、西双版纳万种植物园、昆明动物博物馆、国家昆明高等级生物安全灵长类实验中心/生物安全三级实验室、中国科学院生物安全大科学研究中心（昆明分部）、国家非人灵长类实验动物资源库、中国科学院昆明生物多样性大型仪器区域中心，国家级（省级）野外台站等重大科研平台，拥有一批先进的大型科研仪器设备和完善的计算机网络系统及生物多样性信息系统。
截至2023年，昆明分院系统共有在职职工2363人（包含所属单位人员），其中科技人员1637人，包括中国科学院院士9人，发展中国家科学院院士2人，正高级专业技术人员319人，副高级专业技术人员376人。
昆明分院机关内设综合办公室、党建工作处（纪检办公室）、人事人才处、科技合作处、审计与财务处等五个部门。
